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Univ.-Prof. Dr. Florian Thalhammer begann seine Ausbildung zum Facharzt für Innere Medizin im Jahr 1991 an der Medizinischen Universität Wien (AKH Wien) und schloss sie 1998 ab. Seine Habilitation im Fach Innere Medizin erfolgte schon ein Jahr später – im Juni 1999. Seither ist Thalhammer an der Universitätsklinik für Innere Medizin I, Klinische Abteilung für Infektionen und Tropenmedizin, Medizinische Universität Wien, tätig. Seit 2007 ist er auch Additivfacharzt für Infektionen und Tropenmedizin. Im Feber 2013 erfolgte seine Bestellung zum stellvertretenden Abteilungsleiter, von Oktober 2014 bis September 2017 war er interimistischer Abteilungsleiter. Thalhammer wurde im Juli 2019 zum stellvertretendem Ärztlichen Direktor des Allgemeinen Krankenhauses Wien ernannt, im November 2020 suchte er neue Herausforderungen und wechselte an die Universitätsklinik für Urologie am Wiener AKH.
Seine Forschungsschwerpunkte sind Antiinfektiva bei extrakorporaler Nierenersatztherapie und anderen Organersatzverfahren sowie Pharmakokinetik und –dynamik von Antibiotika.
Seit 2007 ist Thalhammer als Präsident, Vizepräsident respektive Vorstandsmitglied maßgeblich für den Erfolg und Bekanntheit der Österreichischen Gesellschaft für Infektionskrankheiten und Tropenmedizin (ÖGIT) verantwortlich. Zudem ist er langjährig als Fortbildungsbeauftragten der Österreichischen Gesellschaft für Innere Medizin (ÖGIM) tätig.
Neben seiner klinischen Tätigkeit und seiner Lehrtätigkeit war und ist Thalhammer auch die treibende Kraft bei einer Reihe von bahnbrechenden infektiologischen Konsensusdokumenten.
Aus der infektiologischen Fortbildung nicht mehr wegzudenken sind die seit mehr als 25 Jahren regelmäßig stattfindenden „Giftigen Dienstage“, die in komprimierten Form den jeweils aktuellsten Stand infektiologischer Fragestellungen in verständlicher und durchaus oft auch unterhaltsamer Form vermitteln. Zahlreiche Fortbildungsartikel zu infektiologischen Fragestellungen stammen aus seiner Feder. Hohe Zugriffsraten weisen die „Giftigen Webinare“ auf.
Schließlich ist er auch als Reviewer für zahlreiche Journale tätig und hat neben seiner Lehrtätigkeit an der MedUni Wien und regen Vortragstätigkeit die Bücher „Antibiotika und Antiinfektiva“, sowie „Kompendium der antimikrobiellen Therapie“ publiziert. Diese Tätigkeit findet nun mit der neuen „Antibiotika & Antiinfektiva“-App eine logische Fortsetzung in elektronischer Form.